Абрикос не обладает высокими защитными свойствами против грибных болезней. На юге России наиболее вредоносной и распространенной болезнью является монилиоз. Ее возбудителем является грибок, значительному развитию которого способствуют туманы и дожди в период цветения. При влажной погоде споры грибка прорастают и поражают цветки, которые внезапно увядают, а пыльники и рыльца буреют. Вслед за цветками увядают и засыхают листья и однолетние побеги.

Быстрота усыхания и характер повреждения напоминают действие мороза, но при гибели от монилиоза пораженные цветки и листочки остаются на дереве, а после низких температур они опадают. Летом грибок поражает плоды, которые загнивают и покрываются густым серым налетом, но с дерева также не опадают. Пораженные высохшие веточки, побеги и плоды являются источником заражения в период следующей вегетации. Вред, наносимый монилией, заключается в том, что заболевание приводит к потере части или всего урожая, сильно ослабляет деревья, которые вследствие этого легче поддаются заражению другими болезнями.

Для предупреждения вспышки монилиоза весной до распускания почек или в начале фазы розового бутона деревья опрыскивают однопроцентным раствором бордоской жидкости. Внутри погибших веточек грибок сохраняется, потому в мае их обрезают на 10 сантиметров ниже границы поражения. Больные и засохшие плоды также удаляют. Эти мероприятия помогают сохранить деревья в хорошем состоянии.

От вредителей абрикос почти не страдает. С ними можно справиться, накладывая ловчие пояса на штамбы и рыхля землю под деревьями. Многие вредители зимуют в виде куколки. Гусеницы заползают в трещины коры, а если установлены ловчие пояса — укрываются в них, окукливаясь либо там, либо в почве. Ранней весной ловчие пояса снимают и сжигают. Осенью и весной рыхлят почву, а стоит лишь слегка пошевелить куколку, подвинуть ее всего на 0,5 сантиметра, как развитие вредителя прекращается.

При появлении гусениц американской белой бабочки ветку с их гнездом, сплетенном из паутины, немедленно вырезают.
У абрикоса, как ни у какой другой плодовой культуры, состояние и продуктивность дерева зависит от сохранности коры на штамбе и скелетных ветвях. Осенью штамб и основания скелетных ветвей белят раствором извести — на ведро берут 2 килограмма извести и 200 граммов медного купороса либо мучного клейстера (примерно стакан) для лучшей прилипаемости. Побелка предотвращает перегрев оснований скелетных ветвей и штамбов, а также повреждение их как от мороза, так и от солнечных ожогов. Если же на штамбе все же образовалась рана, то ее зачищают до здоровых тканей и замазывают коровяком, смешанным с размягченной глиной в соотношении 1:1. Раны, получающиеся после обрезки крупных ветвей, замазывают масляной краской.