Сьогодні дерева також як і будь-який інший живий організм піддані впливу хвороботворних мікроорганізмів, які викликають виникнення захворювань. У результаті цього порушується перебіг фізіологічних процесів, що в кінцевому підсумку при несприятливому перебігу захворювання може призвести до відмирання окремих частин дерева, уповільнення його зростання і розвитку, погіршення якості плодів і зниження загального рівня врожайності.
В даний час захворювання у плодових дерев можуть викликати віруси, бактерії і гриби. Грибкові захворювання проявляються у вигляді появи на різних частинах рослинного об'єкту плям, загнивання тканин і нальоту. Бактеріальні захворювання можна діагностувати при появі на окремих частинах дерева відмерлих або загниваючих ділянок, маслянистих плям які потім змінюють свій колір.
Ліства дерев, уражена вірусом, характеризується появою мозаїчності, вона дрібнішають, деформуються і навіть відбувається відмирання окремих частин рослинного об'єкту. Для боротьби із захворюваннями дерев в першу чергу застосовуються фунгіциди, які перешкоджають розмноженню хвороботворних мікроорганізмів і локалізують вогнища захворювання. В якості профілактики від більшості захворювань може застосовуватися розчин мідного купоросу.