Простейшие. Это единственные животные среди микробов. Встречаются жгутиковые, корненожки и инфузории. Простейшие зачастую — паразиты и хищники. Морфологически довольно разнородны. Их тела, размером до нескольких десятков микрометров, могут иметь шаровидную, овальную, сплюснутую или разветвленную форму. Простейшие обычно подвижны и пластичны, то есть легко изменяют форму тела.

Для обитающих в почве простейших характерна способность образовывать цисты, устойчивые к неблагоприятным условиям. Цисты отличаются высокой сопротивляемостью и жизнестойкостью, они выживают даже после высушивания и обработки кислотами. Значение простейших в почве велико: поглощая бактерии, грибы, водоросли, они регулируют микробиологические процессы в почве.

Заканчивая описание микроорганизмов, обитающих в почве, хочется сказать несколько слов об их количественном учете и распространении в почвах. Для количественного учета применяют метод прямого микроскопирования почвы, принцип которого был предложен С. Н. Виноградским. При этом способе готовят почвенную суспензию и в определенном объеме ее под микроскопом подсчитывают общее число микроорганизмов. Последующим пересчетом можно установить, сколько микроорганизмов приходится на 1 г исследуемой почвы. С. Н. Виноградский готовил препараты на предметном стекле и просматривал их под микроскопом. В поле зрения попадались палочковидные бактерии мелкие и крупные, шаровидные бактерии (кокки), иногда обрывки мицелия грибов, актиномицетов и других микроорганизмов.

Прямой метод дает представление об общем количестве микроорганизмов в почве. Однако внешний облик микроорганизмов не позволяет судить о том, что они делают в почве, то есть об их физиологических функциях. Поэтому дополнительно определяют в почве отдельные группы микроскопических существ (бактерии, актиномицеты, грибы, водоросли и т. д.). Они могут быть определены посевом почвенной болтушки на твердые питательные среды, на которых затем клетки нанесенных микроорганизмов развиваются. В микробиологической практике обычно используют агаризованные или желатинизированные питательные среды.

После выдерживания засеянных чашек в термостате подсчитывают выросшие на твердой питательной среде колонии. Допуская, что каждая колония произошла из одной клетки того или иного микроорганизма можно установить число клеток живых организмов во взятом образце почвы. Характеризуя состав микроскопических существ различных почв, прежде всего следует отметить большую его динамичность. Количество микроорганизмов в почве довольно сильно меняется в течение не только года, но и месяца. Этот процесс — следствие колебаний температуры и влажности почвы, состояния растительною покрова и т. д.

В южной зоне, особенно в неорошаемых почвах с летним дефицитом влаги, колебание количества микроорганизмов выражено более резко. Летом в период иссушения здесь преобладают менее требовательные к влаге актиномицеты, а весной и осенью — бактерии, количество которых летом сильно уменьшается. Увлажнение почв коренным образом меняет положение дел. В более северной зоне, где обычно бывает достаточно влаги, сезонные колебания численности отдельных групп микроорганизмов выражены значительно меньше.

Во всех почвах наблюдается большая или меньшая активизация деятельности микроорганизмов весной. Очевидно, это связано с обогащением почв отмершей за осенне-зимний период растительностью. В последнее время почвы разного происхождения были детально изучены микробиологами, которые выявили большое богатство микрофлорой почв южной зоны. Этот факт можно объяснить специфическими климатическими условиями.