Очень важен уход за штамбом и стволом молодого дерева. Штамб является опорой для кроны плодового дерева, а также проводником воды и минеральных питательных веществ от корней к листьям и органических питательных веществ от листьев к корням. Слабый ствол обычно является причиной того, что дерево сначала снижает урожайность, а затем полностью погибает. Деревья со здоровым стволом отличаются долговечностью и высокой урожайностью.

Многие сорта яблони с хорошим здоровым стволом при двух-трехкратном омоложении кроны могут продуктивно жить до 80 и более лет.
После посадки, пока дерево не прижилось, ствол необходимо защищать от солнечных лучей. Кола, поставленного с южной стороны дерева, для этой цели все же недостаточно. Желательно для большей гарантии от ожогов и иссушения до окончательного окоренения обвязывать деревья каким-либо притеняющим материалом (соломой, мхом). На зиму стволы и основные сучья деревьев для предохранения от морозобоин и для защиты от мышей и зайцев следует обвязывать сухой виноградной лозой, соломой, стеблями кукурузы, толем или пленкой.

Обнаруженные на стволах плодовых растений механические ранения коры (ушибы, обдиры, повреждения мышами и зайцами) надо без промедления лечить. Весной или летом края раны обрезают (слегка обновляют) садовым ножом до здоровой коры и замазывают садовой замазкой. Ее можно приготовить самому из 7 частей нигрола и по 1,5 части канифоли и парафина или из 6 частей нигрола с добавлением 2 частей пчелиного клея, 3 частей воска и 1 части скипидара. После этого раны быстро заплывают и покрываются новой корой. Так же лечат и раны, образующиеся при заболевании раком, который вызывается паразитным грибом. Однако в этом случае ножом вырезают не только кору, но и пораженную древесину. После тщательной прочистки рану дезинфицируют 1-процентным раствором медного купороса или 3—5-процентным раствором железного купороса, покрывают садовой замазкой и накладывают на нее повязку из тряпок или рогожи. После обработки больного раком дерева садовый нож обязательно кипятят, а руки моют в горячей воде с мылом.

При сильных повреждениях коры, особенно при кольцевых ранах, для соединения разобщенных участков применяют специальную прививку мостиком. Если кора повреждена только с одной стороны ствола, то можно ограничиться одним мостиком, а если повреждение кольцевое — ставят 2—3 мостика (в зависимости от возраста дерева). Для прививки мостиком берут однолетние побеги. Заготавливают их в марте, до набухания почек, и хранят в снегу или в погребе.
Прививают мостиком весной, в момент активного сокодвижения. Техника прививки состоит в следующем. На концах побега (черенка), взятого для прививки, прививочным ножом делают односторонние косые срезы. Длина черенка должна быть несколько больше ширины поврежденного участка коры.

Поврежденную кору на стволе как в верхней, так и в нижней части раны зачищают, обрезая до здорового места. Затем ножом на обоих краях раны делают продольные надрезы коры. Длина надрезов должна быть немного меньше длины косых срезов черенка. В эти надрезы вставляют концы черенка так, чтобы косые срезы прилегали к древесине ствола. Затем прививку в концах крепко завязывают и тщательно обмазывают садовой замазкой (садовым варом). Поставленные таким образом мостики из черенков обычно быстро срастаются своими концами с тканями ствола дерева, проводят питательные вещества, и этим предотвращается гибель деревьев от кольцевых ран. Появляющуюся прикорневую поросль вырезают как конкурирующую с деревом за влагу и элементы питания.

В первые годы жизни возможны выпады деревцев, не прижившихся по тем или иным причинам. Их надо обязательно удалять, взамен осенью подсаживать новые деревца тех же сортов, не откладывая эту работу более чем на 1—2 года. Подробнее о приемах формирования и обрезки деревьев и защиты от вредителей и болезней, относящихся к молодому саду, будет рассказано при изложении особенностей возделывания каждой плодовой породы.