В отличие от различных программ, предусматривающих функцию IP-телефонии для надежной передачи всех данных, Skype использует, как правило, Р2Р-архитектуру. Каталог всех пользователей Skype распределён четко по компьютерам сетевых пользователей Skype, что позволяет сети простым способом увеличивать масштабы до небывалых размеров (в настоящий момент насчитывается более 100 миллионов пользователей и 15-25 миллионов он-лайн) без наличия, как дорогой инфраструктуры, так и различных централизированных серверов.
Кроме того, как известно, программа Skype способна передавать звонки посредством компьютера, в том числе и других пользователей. В случае, если вы скачайте последнюю версию скайпа, то убедитесь сами, что эта система позволяет соединяться пользователям друг с другом, которые находятся за механизмом преобразования сетевых адресов NAT, однако в то же время создаёт сильную нагрузку, как на компьютеры, так и на каналы пользователей, которые подключёны к Интернету по прямой линии.
Единственным, пожалуй, самым центральным элементом для программы Skype является не что иное, как сервер идентификации, где сохраняются абсолютно все учетные записи пользователей, а также резервные копии списков всех их контактов. Центральный сервер обычно нужен только лишь для установки самой связи, независимо от языка программы: английский или русский скайп у вас установлен. После того как связь уже будет установлена, компьютеры начинают пересылать голосовые данные непосредственно друг другу (при условии, что между ними есть прямая связь) или с помощью программы Skype-посредник.
В частности, когда два компьютера находятся внутри одной лишь локально сети и установили между собой крепкое Skype-соединение, то связь с самим Интернетом может быть прервана, а разговор будет еще продолжаться до своего завершения или какого-нибудь сбоя связи, возникшего внутри локальной сети. Так, благодаря используемым Skype кодекам (алгоритмы сжатия данных) и при наличии достаточной скорости соединения в Интернете (30-60 кбит/с) надо отметить, что русский скайп в большинстве случаев отличается качеством звука, который вполне сопоставим с качеством обыкновенной телефонной связи.
При инсталлировании соединений между персональным компьютером все данные зашифровываются при помощи AES-256, для трансмиссии ключа которого соответственно применяется 1024-битный ключ RSA. Открытые ключи всех пользователей сертифицированы, как правило, центральным сервером системы Skype при входе. Как стало известно, 3 июня 2011 года протокол Skype был взломан, а его исходный код появился в Интернете. Официально доказанных случаев разработчиком расшифровки либо перехвата данных в системе Skype не было зафиксировано, и поэтому большинство спецслужб стали выражать по этому поводу свое недовольство.
Тем не менее, правоохранительные органы Австрии на очередной встрече с провайдерами в местном МИДе поспешили сообщить, что провели вполне «законный перехват IP-трафика», отмеченный 25 июня 2008 года. Подобное заявление последовало также от представителей органов внутренних дел Австралии. Также, именно благодаря утечке важной информации, открылись планы по разработке программы перехвата коммуникаций он-лайн фирмой «Digitask» по заказу министерства Баварии. Кроме того, о решениях прослушивания всей системы Skype объявили публично власти самой Швейцарии и ФСБ.